در این بخش بسیار مهم آزمایشگاه نوع عفونت های باکتریایی و حساسیت باکتری ها به داروهای مختلف تعیین می گردد.

بسیاری از اقلامها و ترشحات بدن می توانند از نظر عفونت مورد آزمایش قرار بگیرند. ساده ترین آنها عفونت ادرار و مدفوع است که این نمونه ها در ظرف های خاصی که حاوی موادغذایی مختلفی است کشت داده می شوند.میکروب ها در این محیط ها رشد می کنند و به شکل کلنی (یعنی مجموعه ای از هزاران میکروب) در می آیند. از این کلنی ها برای مراحل بعدی که شامل شناسایی دقیق نوع باکتری و شناسایی میزان حساسیت آن باکتری به آنتی بیوتیک های مختلف موجود در بازار استفاده می شود. در پایان کار مثلا مشخص می شود که ادرار فلان کودک دچار عفونت با باکتری اشرشیا کلی شده است و این باکتری خاص مثلا به آنتی بیوتیک آمپی سیلین حساس است و به کوتریموکسازول مقاوم می باشد. پزشک معالج بر اساس این اطلاعات بیماری را درمان می نماید.

از نمونه های دیگری که در این بخش مورد آزمایش قرار می گیرند، نمونه خلط، ترشحات گوش،حلق و بینی و چشم و مایعات جمع شده در حفره های بدن مثل پلورزی و آسیت و پریکارویال افیوژن و مایع مغزی نخاعی و خون را می توان نام برد.

در مورد برخی از این نمونه ها مثل خون و مایع نخاع و علت اهمیت فراوان عفونت از روشهای پیشرفته اتوماتیک استفاده می شود که میکروب را به سرعت تکثیر و شناسایی می نماید مانند سیستم  Bactek.  قبل از استفاده از این دستگاهها برای بدست آوردن نتیجه کشت خون، حدود سه هفته زمان لازم بود که با کمک این تجهیزات زمان مورد ذکر به سه روز کاهش یافته است.

از کارهای دیگر این بخش بررسی عفونت قارچی و عفونت سل می باشد.که هریک تجهیزات و روشهای خاص خود را دارند و برای اخذ نتیجه موردنظر گاه تا سی روز وقت لازم است.

در این بخش علاوه بر فعالیت های فوق، بررسی انگل شناسی روی نمونه مدفوع و در صورت نیاز نمونه خون(مالاریا) نیز انجام می شود.

حتی آزمایشاتی برای شناسایی ویروس ها هم در دسترس است مثل تست تزانک که برای بررسی عفونت یا ویروس تب خال یا آبله مرغان انجام می گردد. نکته مهمی که خوب است مراجعین بدانند این است که به علت ماهیت کار میکروب شناسی، پیش بینی دقیق زمان اخذ نتیجه و آماده شدن جواب برای ارائه به بیمار مقدور نیست چون اخذ نتیجه به مدت رشد و ماهیت میکروب بستگی دارد و اگر مثلا باکتری مربوطه نخواهد سریع رشد کند، باید کمی صبر کرد. بنابراین مراجعین محترم با علم به این موضوع با کمی صبوری و خویشن داری می توانند به آزمایشگاه کمک کنند تا نتیجه بهتر و دقیق تری بدست بیاید.

در پایان با توجه به داغ شدن بحث زباله های عفونی در رسانه ها، خوب است که بدانید تمام آزمایشگاهها از قدیم الایام با دقت و وسواس کامل پس از پایان کار این میکروب های تکثیر شده را کاملا منهدم می کنند که اگر جز این بود می توانید تصور فرمایید که چه مصیبتهای ناگواری بوجود می آمد.